2004年3月任同济大学研究院副院长，2006年6月评聘为同济大学污染控制与资源化国家重点实验室教授、2006年10月评聘为博导。现任同济大学现代农业科学与工程研究院院长、国家设施农业工程技术研究中心副主任。国际水协(IWA)会员、美国化学学会(ACS)会员，中国环境科学学会重金属污染防治专业委员会委员，国际水协(IWA)中国厌氧委员会理事，InternationalJournal of Agricultural & Biological Engineering(IJABE) 期刊编委、《环境污染防治》期刊编委，国家中长期科技发展规划纲要“城镇化与城市发展”领域编写组成员、科技部“十一五”科技发展规划“城镇化”领域总体专家组成员、科技部“十二五”科技发展规划“村镇建设”领域总体专家组成员。
现代农业科学与工程研究,有机废水能源化,水资源化处理
何梁何利基金2015年度颁奖大会11月4日在北京举行，国家“万人计划”首批科技创新领军人才、同济大学环境科学与工程学院张亚雷教授因在污水资源化处理领域的新技术新工艺，荣获本年度“何梁何利基金科学与技术创新奖”。
